O CIA-Agro contará com instituições associadas do estado do Paraná e da Federação e também com parceiros da iniciativa privada. A instituição sede será a Universidade Estadual de Londrina. As instituições associadas são parceiras técnico-científicas no Centro, trazendo expertises essenciais e complementares para o desenvolvimento de soluções efetivas, inovadoras e de grande potencial de impacto. Já estão confirmadas as instituições envolvidas na estratégia traçada para o primeiro biênio do Centro, listadas a seguir: